微生物可以将受污染水体中的有机物降解的无机物，对部分无机污染如氨氮进行还原从而去除，为了充分发挥微生物提供合适的营养和环境条件，可以孵化和激活生长代谢缓慢或处于停滞状态的土著微生物，使其重新具有污染物高速分解的能力。
        水体中的一些有益微生物经过“孵化和激活”后大量繁殖，繁殖和生产过程中进行有氧反硝化作用，消耗水体中的营养物质如氮和磷等，把氨氮转化为氮气。这些微生物被高等 一点的微生物代谢，高等微生物被浮游生物及藻类代谢浮游生物及藻类等被小生植物、鱼等生活当做食物代谢，从而形成“大鱼吃小鱼、小鱼吃小虾”的河塘生态系统的食物链，完善了河塘生物的多样性，从而恢复河塘的自净能力。